dimanche 15 décembre 2013

III - La génétique - le cas Family Tree DNA (FTDNA) (2e volet)

FTDNA ET  LES OUTILS DISPONIBLES
VOLET II A - Family Finder
Ce deuxième volet dédié aux outils mis à disposition par Family Tree DNA vous permettra d'y voir un peu plus clair, car il faut bien le reconnaître, si vous n'êtes pas anglophone et si vous ne maîtrisez pas le langage génétique, on se décourage assez facilement au point de se demander à quoi ça sert tout ça ?

Bien que n'ayant pas les connaissances des experts, je lis pas mal de blogs anglophones qui sont relativement intéressants dont j'ai mis des liens sur mon blog et qui m'ont grandement inspiré pour en faire un blog en français.


Au moment o
ù j'écris, FTDNA a annoncé le lancement d'un nouveau test basé sur le chromosome Y appelé le "BIG Y" qui sera développé plus tard dans un de mes billets.

Différents menus pour différentes fonctionnalités sont proposés sur le site FTDNA et je m'intéresserais principalement 
à Family Finder puis dans un autre billet YDNA et MtDNA. 



Family Finder est un test autosomique disponible depuis février 2010. Il permet de tracer n'importe quelle ligne ancestrale a votre propre arbre généalogique peu importe a quelle branche familiale cette ligne se situe (cousin, tante, etc...)


On rentre alors dans un puzzle familiale ou la patience, le temps et la recherche seront plus que jamais vos atouts pour passer outre les blocages généalogiques.

POPULATION FINDER
Cet outil vous permet d'obtenir en pourcentage votre composition biogéographique ancestrale, en fait, c'est l'histoire de votre génétique personnelle qui est analysée en comparant votre ADN autosomique et la base de donnée ADN mondiale. 

Un point à relever tout de même, les résultats sont donnés d'après 7 groupes continentaux basés sur des similarités génétiques et ne correspondent pas précisément aux continents géographiques ; cependant, les résultats fournis sont de bonne qualité.


Le graphique ci-dessous montre une composition ancestrale et sa répartition géographique.









MATCHES
Family Finder se charge de trouver pour vous des correspondances génétiques à travers une base de donnée mondiale. 
Des centaines de cousins me direz-vous, c'est possible, mais ne vous pressez pas de les contacter tous, un grand nombre de "cousins" ne partagent bien souvent qu'une infime partie de votre ADN, cependant, vous pouvez aussi voir apparaître des personnes plus proches.
Possibilité de télécharger les données sur un fichier de type Excel ou CSV pour faciliter les recherches.

J'ai volontairement retiré les noms des personnes ceci afin de préserver leur anonymat. 


Comme vous le voyez ci-dessus, vous avez la possibilité de contacter la personne, de mettre une note, de jeter un oeil sur l'arbre généalogique, de faire une "triangulation" de personnes que vous avez en commun et des personnes que vous n'avez pas en commun.

Également, vous pouvez voir quels tests la personne sélectionnée a entrepris de faire , ainsi que comparer vos chromosomes avec la personne que vous avez sélectionné. Quelle longueur chromosomique vous partagez avec les personnes sélectionnées est calculée en Centimorgan (cMs).
  • 10 cMs ou plus indique une correspondance dans les 5 générations (4e ou plus cousin) avec une généalogie très développée, vous pouvez éventuellement trouvez des ancêtres communs, d'où l'intérêt d'avoir un arbre documenté et précis.
  • 5-9 cMS peut couvrir un intervalle compris en 6 et 11 génération (5e a cousin distant)
  • En dessous de 5cMS, c'est plus que de l'histoire ancienne
La Triangulation
La Triangulation est une méthode en vue de comparer les segments ADN des personnes afin de déterminer quel ancêtre a fait don pour quel segment en particulier.
Le principe est de trouver au moins 3 personnes avec un ancêtre commun ayant des segments d'ADN communs se superposant les uns les autres, dans ce cas il y a de très fortes chances que vous partagiez un ancêtre commun. Cependant, petite précaution toute de même, car il est encore possible que ce soit une coïncidence... Et oui, tout doit se vérifier, c'est pour ça qu'on fait de la généalogie et que la génétique vient confirmer ou infirmer et inversement.
Cependant, la triangulation reste un outil assez puissant quand vous maîtrisez l'outil.


ADVANCED MATCHES
Cet outil est assez puissant dans le sens ou il combine un grand nombre d'information tels que le nom de famille, le projet, les correspondances combinées des tests (Y-DNA et mtDNA).
Les correspondances entre les personnes dépendent aussi du nombre de personnes testées en fonction du niveau et du type de tests effectués concernant mtDNA et Y-DNA et également en fonction de la rareté de votre haplogroupe. Par exemple, si votre haplogroupe mtDNA est H et/ou votre Y-DNA est R, vous aurez un très grand nombre de correspondances en effet, ces haplogroupes font la moitié de la population européenne. Cependant si vous avez un haplogroupe beaucoup moins commun, vous aurez un nombre de matchs moins important.
Par exemple si vous avez un test Y-DNA avec 12 marqueurs seulement, ce sera totalement insuffisant, alors qu'un test a 67 marqueurs (possible de porter à 111 marqueurs) confirme un lien de parenté plus évident.
Possibilité de télécharger les données sur un fichier de type Excel ou CSV pour faciliter les recherches.

Concrètement, ça veut dire quoi ? Très simple, vous pouvez vous retrouver avec une multitude de personnes qui vous correspondent génétiquement à un certain niveau, en effet, si vous avez pris un test Y-DNA a 12 marqueurs, et que votre nomenclature génétique est "R", attendez-vous a voir + de 100 personnes, en toute franchise, vous perdrez du temps a les contacter.
Par contre, si votre test porte sur 67 marqueurs minimums ou 111 marqueurs, vous confirmerez ou infirmerez les personnes qui vous correspondent, généralement on tombe a moins de 5 personnes, voir aucune dans certains cas.
Si vous regardez dans l'exemple ci-dessus, j'ai affiché toutes les personnes qui ont faits certains tests, cependant, si je sélectionne 67 marqueurs, j'ai plus personne ni a 111 marqueurs. Par contre, si je sélectionne a 37 marqueurs, il y a une personne qui me correspond aussi bien a 25 et 37 marqueurs qui pourrait être une piste.
Dans le cas de mtDNA, si vous testez uniquement HVR1 et pas le reste, ça ne sert pas vraiment a grand chose, vous risquez de vous retrouvez selon votre groupe génétique avec plus ou moins un grand nombre de personne qui vous correspondent, ou inversement. En augmentant le niveau de test HVR2 et FMS, vous vous apercevrez que finalement ces personnes ne sont plus aussi proche que vous le pensiez, c'est un affinage des résultats.
Ceci dit, il est intéressant de découvrir que vous pourriez avoir en commun des ancêtres et débloquer des situations dans votre arbre généalogique (nouveaux documents, photos...).

CHROMOSOME BROWSER
Déterminer comment vous êtes proche d'une personne avec un ancêtre commun possible est important car cet outil vous aide a distinguer qui partage réellement un ancêtre commun. 
Mais j'avoue c'est pas simple quand on ne connaît pas bien et d'autant plus que c'est davantage utilisé par les généalogistes dans le cadre de leur recherche, mais aussi bien pour les autres.

Ci-dessous comment se présente les informations.



DOWNLOAD RAW DATA
Il vous est offerte la possibilité de télécharger vos propres données génétiques contenant votre ADN si vous souhaitez comparer des segments spécifiques de votre ADN. Plusieurs choix sont possibles.


KNOWN RELATIONSHIPS
Et enfin la possibilité de pouvoir assigner vos contacts selon vos recherches a savoir oncle, cousin distant, etc... lorsque vous avez pu mettre en évidence la relation familiale d'après vos recherches généalogique papiers.

MATRIX
Une nouvelle fonctionnalité a vu le jour il y a quelques jours lancée par FTDNA et est proposée en version Beta.
Cette fonction vous permet de sélectionner jusqu'à 10 personnes qui vous correspondent génétiquement et de comparer leur Family Finder.

Pour faire quoi avec ?
C'est la toute l'expérience de FTDNA qui met en avant une possibilité d'ajouter votre arbre généalogique aussi bien du coté paternel que maternel, mais aussi des gens qui vous correspondent mais dont vous ne savez pas pourquoi.

Comment cela fonctionne t'il ?
  • Si vous avez des personnes qui vous correspondent génétiquement mais dont ces personnes n'apparaissent pas dans la fonction "en commun avec" (in common with) alors, il y a une certaine réflexion qui nécessite d'être plus approfondie car la question de généalogique peut-être remise en question. En effet, si une personne est évaluée comme un "match" avec vous, mais pas avec votre père ou votre frère ou cousine, etc., il faudra peut-être pas trop perdre de temps a chercher ce que vous ne trouverez pas !
  • Si vous avez des personnes qui vous correspondent génétiquement et pour lesquelles chacun de vous correspond aux uns et aux autres, alors il y a de fortes probabilités que ces personnes soient une des composantes d'une lignée de votre arbre généalogique.
  • Si vous avez des personnes qui vous correspondent génétiquement et pour lesquelles chacun de vous correspond aux uns et aux autres et que vous pouvez identifier l'origine généalogique basée sur vos cousins ou d'autres membres de la famille alors vous avez mis le doigt sur une pièce d'information inestimable qui peut débloquer une lignée qui était restée sans suite et déboucher une sur une nouvelle lignée jusqu'à maintenant inconnue.
Vous pouvez sélectionner jusqu'à 10 personnes de votre liste dont voici un extrait. Encore une fois, vous remarquerez que j'ai volontairement retirer les noms de famille des personnes de ce tableau afin de protéger leur vie privée.



Vous remarquerez que, bien que ces 10 personnes me correspondent génétiquement, elles ne se correspondent pas forcément toujours entre elles.

Un exemple concret, Yehoshua semble me correspondre génétiquement, cependant, il ne correspond pas du tout a 3 membres de ma famille. J'opterais pour un faux positif dans ce cas précis et je perdrais pas trop de temps.

Par contre, Helen et Ian sont clairement identifiés comme des personnes étant génétiquement proche de 3 des membres de ma famille. C'est un indice qui nécessite quelques investigations.

Voila pour les outils de Family Finder, qui j'espère vous apporteront davantage d'information et comme d'habitude, n'hésitez pas à contribuer avec vos commentaires, c'est toujours apprécié.